vehicul complet uman genomului secvența celor doi cromozomi X și autozomi din linia celulară derivată din țesut feminin a fost finalizată. Aceasta include 8% din genomului secvență care lipsea în versiunea originală care a fost lansată în 2001.
vehicul complet uman genomului secvența tuturor celor 3.055 miliarde de perechi de baze a fost dezvăluită de Consorțiul Telomere-to-Telomere (T2T). Aceasta reprezintă cea mai mare îmbunătățire a uman referință genomului lansat în 2001 de Celera Genomics și International Uman Genomului Consorțiul de secvențiere. Acea genomului secvența a acoperit majoritatea regiunilor eucromatice în timp ce fie lăsând deoparte regiunile heterocromatine, fie reprezentarea eronată. Aceste regiuni cuprind 8% din uman genomului care a fost dezvăluit în cele din urmă. Noua referință T2T-CHM131 include secvența completă pentru toți cei 22 de autozomi plus Cromozomul X. Această nouă secvență de referință a corectat, de asemenea, numeroase erori și a adăugat aproximativ 200 de milioane de bp de secvențe noi care conțin 2,226 de copii ale genelor, dintre care se preconizează că 115 codifică proteine.
Actualul genom de referință GRCh38.p13 a fost rezultatul a două actualizări majore, una în 2013 și cealaltă în 2019 privind secvența genomului Celera din 2001. Cu toate acestea, încă mai avea 151 de milioane de perechi de baze de secvență necunoscută distribuite în tot genomului, inclusiv regiuni pericentromerice și subtelomerice, dublări, rețele de gene și ADN ribozomal (rADN), toate acestea fiind necesare pentru procesele celulare fundamentale. Noua referință a fost denumită T2T-CHM13 deoarece provine din secvențierea ADN-ului din linia celulară CHM13 (Complete Hydatiform Mole) și este realizată de consorțiul T2T. Linia celulară este derivată dintr-un ovul fertilizat anormal sau dintr-o creștere excesivă a țesutului din placentă în care femeia pare să fie gravidă (sarcină falsă), deci secvența reprezintă doar cei doi cromozomi X și autozomi ai femelei. Au fost utilizate mai multe tehnologii de secvențe, cum ar fi secvențierele PacBio, Oxford Nanopore, 100X și 70X Illumina, pentru a numi câteva. Progresele tehnologice în secvențiere au condus la secvențierea celor 8% rămase, așa cum sa menționat mai sus.
Singura limitare a secvenței T2T-CHM13 este lipsa unui cromozom Y. Această secvențiere este în prezent în curs de desfășurare, folosind ADN-ul din linia celulară HG002, care are un 46 (23 de perechi) cu un cariotip XY. Secvența va fi apoi asamblată folosind aceleași metode dezvoltate pentru genomul homozigot CHM13.
Disponibilitatea lui T2T-CHM13 ca o nouă referință genomului reprezintă o descoperire majoră care va ajuta la înțelegerea rolului regiunilor heterocromatinei și la înțelegerea efectelor sale asupra proceselor celulare în detaliu. Până la finalizarea secvențierii cromozomului Y, acesta va servi drept genom de referință pentru studiile viitoare de înțelegere a proceselor și funcțiilor celulare.
***
Referinte
- Nurk S, Koren S, Rhie A, Rautiainen M, Bzikadze AV, Mikheenko A et al. Secvența completă a lui a uman genom bioRxiv 2021.05.26.445798; DOI: https://doi.org/10.1101/2021.05.26.445798
***
